В центре сюжета первого сезона «Избранного» — затерянный в океане остров Утопия, внешне являющийся идеальным сообществом, свободным от пороков и болезней внешнего мира. Эта изолированная цивилизация, управляемая харизматичным и загадочным пророком по имени Илай, живёт по строгим религиозным законам, главный из которых — запрет на любые контакты с водой. Согласно учению, именно вода стала причиной гибели прежнего человечества, и любое соприкосновение с ней карается изгнанием в «Погибший мир», откуда нет возврата. Жизнь на острове кажется мирной и упорядоченной, пока молодой парень по имени Джеймс не обнаруживает, что у него странная и опасная аллергия именно на воду, что делает его изгоем в собственном доме и ставит под сомнение все догмы, на которых построена Утопия. Его личная драма совпадает с чередой тревожных событий: кто-то начинает убивать жителей острова, оставляя на телах загадочные метки, а стабильность общества даёт первые трещины, обнажая скрытый страх и недоверие среди его обитателей. По мере расследования загадочных смертей Джеймс, его близкие и сомневающаяся в догматах Илая девушка по имени Эмбер постепенно открывают шокирующие тайны, скрытые под поверхностью идиллии. Они находят доказательства того, что история Утопии и «Погибшего мира» — тщательно сконструированная ложь, а настоящая правда об острове, его происхождении и самой фигуре Пророка куда мрачнее и сложнее, чем кто-либо мог предположить. Илай и его преданная стража делают всё возможное, чтобы сохранить контроль и не допустить утечки информации, но раскол в обществе углубляется. Сезон завершается напряжённой кульминацией, где герои, рискуя всем, сталкиваются с шокирующими откровениями о своей собственной судьбе и природе окружающего их мира, что навсегда меняет их восприятие реальности и ставит под вопрос саму возможность дальнейшего существования Утопии в её текущем виде, оставляя зрителя в ожидании продолжения.